本发明的一种保护河流健康的原位实时智能生物检测装置，包括电子舱、安装于电子舱下方的采样器、安装于采样器下方的采样网；电子舱上方安装有河流水动力与水质信息实时采集装置，电子舱内部安装有蓄电池、电动机、高压泵、微处理器和数据储存卡；采样器的内壁上安装有与高压泵相连接的高压水枪，采样器顶部安装有由微处理器控制的图像识别系统，采样器底部为开敞结构且通过牵拉绳与采样网相连；采样网包括可上下伸缩的侧网和嵌套于侧网底部的可翻转底网。本发明的一种保护河流健康的原位实时智能生物检测方法，在不破坏河底底质生态环境的前提下，能够持续进行自动化智能检测河流原位河床上指示生物的种类、数目和尺寸信息。