本发明涉及一种鲤鱼配对繁殖苗种的方法，属于水产育苗技术领域。其在平均估算育种值排名前10位的家系中，分别挑选2个家系，将一个家系中生长最快的雌鱼与另一个家系中生长最快的雄鱼挑选出来，分别注射催产激素，注射完成后，将雌、雄鱼放在同一池塘中，然后在池塘中放置鱼巢，用于收集受精卵。受精卵在18~22℃水温下，经5~7天即可孵出苗种，用于养殖生产。本发明分别挑选性状优良、遗传亲缘关系较远的雌、雄鲤鱼作为亲鱼进行配对繁殖，生产出生长快、规格整齐的高质量鲤鱼苗种。