本发明一种碱基选择性可控延伸的STR序列高通量检测方法及其检测试剂，将STR序列检测方法的基本原理与高通量DNA测序技术结合，提供了一种在高通量测序平台上运行的、对海量STR序列样本进行检测的方法以及相应的检测试剂。根据测序系统相应的文库制备方法，将待测样本的STR序列直接或间接固定在检测芯片上，按照检测的流程加入合适的检测试剂，并控制反应的条件，采用碱基选择性可控延伸的技术方案，检测样本所在的各个反应位点发出的荧光强度信号，最终，通过分析检测全过程中各个检测位点的荧光信号照片得到海量样本的检测结果。本发明的最大优点是极大提高了每次可检测的样本数量，从而大大降低了检测的成本以及耗费的时间。