本发明涉及一种单细胞分析用微流控芯片和系统及单细胞分析方法。所述单细胞分析用微流控芯片，包括由上到下依次封接的透明顶盖、微流体通道、带有微孔阵列的基板和带有腔体的底板；所述透明顶盖具有连通外界与微流体通道的流入孔和流出孔；所述基板的微孔阵列位于所述微流体通道下方并与所述微流体通道连通，所述微孔内设有电极，所述电极包括阴极和阳极，所述微孔仅能容纳单个细胞，所述微孔底部具有与所述底板的腔体相连通且横截面小于所述单个细胞大小的通道。本发明将单细胞捕获、鉴定及裂解过程集成在单块微流控芯片上，通过提供相应的操作方法，实现快速获取并精确分析单细胞内容物。