本发明公开了一种水下实时微流控芯片生化检测装置及其检测方法，所述的装置包括微流控芯片承载平台、微流控芯片、检测组件、数据处理组件、水下环境信息采集组件、自动采样组件、水下密封舱、数据传输组件和数据显示组件；所述的微流控芯片承载平台、微流控芯片、检测组件、数据处理组件、水下环境信息采集组件和自动采样组件均封装在水下密封舱内。本发明采用微流控芯片作为检测平台，可把生物和化学等领域中所涉及的样品制备、生物与化学反应、分离、检测等基本操作单元集成到一块几平方厘米的微流控芯片上，由微通道形成网络，以可控流体贯穿整个系统。本发明体积小、操作简单、样品量小、检测快速、准确、无需在检测前对样品进行复杂处理。