本发明提供一种基于专用芯片的接口信号质量的测试方法及系统，其方法包括：S1、获取所述专用芯片上各物理接口对应的信号眼图模板；S2、逐一选定该专用芯片的物理接口作为被测对象，启动所述专用芯片自身的信号采集功能，以采集该物理接口上对应于不同时间点的多组眼高、眼宽数据，并根据所述多组眼高、眼宽数据绘制对应于该物理接口的信号眼图；S3、将所测物理接口的信号眼图与其对应的信号眼图模板相比较，判断所测物理接口的信号眼图的轨迹处于相应的眼图模板外围，若是，则信号质量符合预定要求；反之则不符合。本发明不需依赖信号分析仪，也无需人工的参与，准确性高，成本低，可满足交换设备的批量生成时的测试需求。