本发明公开了一种高通量微流控芯片检测系统的构建方法，主要由抗体与核苷酸交联、抗体—核苷酸交联体与微流控芯片作用，荧光二抗与微流控芯片作用等3个流程组成。抗体与核苷酸交联主要包括：抗体的修饰与脱盐、核苷酸的修饰与脱盐、修饰后抗体与核苷酸的交联与纯化等步骤；抗体—核苷酸交联体与高通量微流控芯片作用主要包括：芯片洗脱、解链、封闭、交联体与芯片反应、洗脱等步骤；荧光二抗与微流控芯片作用包括：Cy3标记二抗与芯片上已经连接的交联体抗体部分的特异性反应以及随后的洗脱、扫描、解链等步骤。