本发明属于生物制品领域，特别涉及一种利用酿酒酵母制备多肽饲料的方法，其制备工艺包括取酿酒酵母原料，配制成质量浓度为15％的酵母溶液，向酵母溶液中加入氯化钠、蛋氨酸、苏氨酸、玉米蛋白粉、谷朊粉、胰酶和中性蛋白酶，经灭酶处理、离心分离、树脂柱吸附与解吸等工序处理得到不同分子量分布的多肽饲料产品。本发明的多肽饲料能显著提高饲料的利用率，降低饲料成本，而且将酿酒酵母蛋白酶解成易于吸收的小分子多肽，更加利于对其吸收，能够显著提高养殖效益。本产品生产过程简单，易于工业上规模化推广应用。