本发明公开了一种离子注入系统，包括：离子注入腔室、进气口、出气口、基片台、射频电源、脉冲电源；其中，所述待注入样片具有第一面和第二面，其中第一面的面积大于所述第二面的面积；且，所述气体流向具有第一方向；所述基片台的所述第一部分使得所述待注入样片的第一面面对所述注入气体流向的第一方向，且所述待注入样片的第一面为第二方向，所述第二方向与所述注入气体流向的所述第一方向不同。本发明通过采用基片台上的电极卡盘垂直放置的方式，在重力作用下，避免将未电离的金属颗粒掉落在电极卡盘上的硅基片上，从而保证了高质量的离子注入。