本发明提供了一种基于弹性基底和背面引线的微机电系统探针卡和制备方法，包括：在基片上打基片通孔；在基片通孔中电铸基片金属结构，在基片背面溅射第一金属种子层；在基片正面涂覆弹性聚合物层，在弹性聚合物层上制备弹性聚合物通孔结构；在弹性聚合物通孔结构中电铸弹性聚合物金属结构；在弹性聚合物层上溅射第二金属种子层，在第二金属种子层上制备金属电路层；在金属电路层上制备金属探针结构；去除第一和第二金属种子层，与印刷电路板进行贴装，得到基于弹性基底和背面引线的微机电系统探针卡。本发明采用背面引线的方法，制备的探针卡直接与测试机台转接卡连接，省去点焊步骤，简化了工艺，提高成品率。