本发明涉及生物技术领域，特别涉及基因芯片技术领域，公开了一种基因合成芯片方法，将寡核苷酸扩增和寡核苷酸平行组装成基因全过程整合到一张芯片上。本发明还使用错配特异性内切酶建立基因因合成错误修复系统，错误率降至低于～0.19错误碱基/kb。本发明提供的高通量、高保真、低成本的基因合成芯片方法，可极大地满足合成生物学、基因组学、系统生物学等生命科学前沿领域对大规模基因合成和蛋白质表达优化筛选的迫切需求。