本发明涉及MEMS结构与处理电路集成系统的新型封装方法，该方法包括：（1）MEMS圆片上每个基底单元预留多个电路芯片放置区域，将电路芯片放置在MEMS圆片上，形成MEMS结构与处理电路的集成；（2）利用垂直互联技术，采用硅作为盖板，盖板上带有垂直通孔，通孔内部填充导电材料，形成结构的输入和输出端口；（3）盖板键合面有多个槽，用于提供MEMS器件工作所需的真空气密环境和电路所需的空间，盖板槽内部的吸气剂薄膜，用于维持真空度；（4）将盖板与MEMS圆片进行圆片键合，实现圆片级真空集成封装，该方法不仅工艺简单，适用范围广，效果显著，而且能够避免由于热膨胀系数带来的热应力，显著提高器件的温度系数。