本发明涉及一种基于FPGA和ARM的数据传输方法及系统，系统采用并行总线机制传输数据，它包括数据采集模块、FPGA模块、片外缓存模块和ARM控制模块。FPGA模块包括、片外缓存控制器、FPGA处理器和双向双时钟的片上缓存单元。数据传输的方法是数据采集模块将采集到的数据传输出给FPGA模块的数据采集缓冲单元；片外缓存控制器读取数据采集缓冲单元中的数据，并传输给片外缓存模块内存储；片外缓存控制器读取片外缓存模块中的数据，并传输给片上缓存单元内存储；ARM控制模块在其内置的存储控制器的控制下读取片外缓存模块中的数据，实现与FPGA模块之间的数据通信。本发明可以将采集的数据高速实时传输给上位计算机，满足如特高压电晕电流源数据传输等应用领域的要求。