本发明公开了一种实时监控微阵列芯片分析过程的杂交系统。它包括：一杂交腔体；所述杂交腔体由微阵列芯片、腔体围堰和盖片组成，所述盖片上设有流体入口和流体出口；一温控装置；所述温控装置与所述杂交腔体相连接；一外围流路；所述外围流路通过所述流体入口和流体出口与所述杂交腔体相连通；和一实时成像模块；所述实时成像模块包括一光源和光检测器件，所述光源的光入射到所述微阵列芯片的表面上，然后经所述微阵列芯片的表面反射后投射到所述光检测器件。本发明提供的微阵列芯片杂交系统，可以实现芯片的动态杂交、清洗和干燥等流程，实时成像模块可以实现对芯片上述处理流程中磁珠强度实时监测。根据信号变化情况，优化芯片处理条件，也可用于研究固液相杂交的动力学问题。