本发明公开了一种水体细菌微生物快速在线检测装置及检测方法，基于细菌微生物的光学散射和吸收特征，以双波长激光二极管为光源，分布在球形空间的光纤阵列为光信号接收器件，CCD为光信号检测器，对我国环境水体中细菌微生物的快速在线检测方法及系统进行了研究，研制了水体细菌微生物快速、在线检测样机一套，在实验室中有效地实现了水体中细菌微生物的快速识别检测，该方法操作简便，无需样品培养与预处理，检测速度快，灵敏度高，能够实现水体细菌与微生物的连续、在线、实时监测和分类，适合于自然水体中细菌微生物的快速、在线检测，以及引用水源地水体中细菌微生物的全面、连续监测预警。