本发明公开了一种基于非对称入射的样品轴向位置跟踪校正的方法和装置。装置包括：激光器、单模光纤、准直透镜、起偏器、偏振转换器、0/π位相板、空间滤波组件、3/4遮挡板、分光棱镜、显微物镜、监控光束聚焦透镜、光电感应器件、计算机和三维纳米扫描平台。方法包括：将准直光束转换为横截面上各点的偏振方向同时关于两条互相垂直的对称轴对称的第二切向偏振光，并形成非对称入射光束聚焦后投射到样品上；同时收集样品反射的光束作为监控光束，根据监控光束的聚焦光斑的重心偏移量来监控样品轴向位置漂移并跟踪校正样品轴向位置。本发明可用于高精度超分辨显微镜系统中样品轴向位置的实时监控和校正。