本发明公开了一种治疗仔兽腹泻的复合中草药制剂及其制备方法。该复合中草药制剂包括以下重量份数的原料：五指毛桃30～40份、葛根10～20份、党参10～20份、莱菔子10～15份、神曲5～10份、穿心莲10～20份、秦皮10～20份、荷叶5～10份、白扁豆15～25份、茯苓40～60份、泽泻30～40份、苍术20～30份、草豆蔻15～25份、藿香20～30份、半夏10～15份、紫色马勃15～25份、白头翁20～25份、甘草25～35份。本发明提供的复合中草药制剂对断奶仔兽腹泻有较强的预防和治疗效果，能够大大降低饲喂仔兽的腹泻发生率，且使用方便，能极大提高养殖效益。