本发明公开了一种复合微生物活菌制剂，由片球菌、酵母菌和芽孢杆菌等益生菌组成，总菌数为10⁷cfu/克以上。本发明还公开了该新型复合微生物活菌制剂的制备方法及其在制备有机污水助净剂、水产养殖水体净化剂、除臭驱蝇剂、去油污剂、消除管道堵塞剂、饲料添加剂、微生物疾病防治剂中的应用。本发明的新型复合微生物活菌制剂具有氨氮、总氮及总磷去除率较高，剩余污泥产量少，节能环保等综合功效以及使用方便、作用安全快速、无二次污染、有利生态保护、处理成本低、综合收益好等特点。