本发明公开了一种多功能激光治疗组合系统及方法，所述系统包括用产生激光束的激光器组件、用于将多种激光束合束在一起的合光组件、手术光纤装置、冷却组件、冷却冲洗吸引回流装置、控制器；所述方法包括产生多种设定波长的激光束、将多种设定波长的激光束合束在一起的步骤、控制冷却冲洗的步骤以及回收冷却水的步骤。本发明将多种外科手术整合，实现一机多用，节约医疗成本，提高了手术效率。