本发明涉及一种海胆抗菌肽及其制备方法，包括构建分泌型重组酵母表达菌株和培养分泌型重组酵母表达菌株两步，在合适的培养基和培养条件下，分泌型重组酵母表达菌株将表达的海胆抗菌肽蛋白分泌到培养液中，抗菌肽的含量可以高达210mg/L，且对致病性鳗弧菌显示出较好的抑制活性；而通过该方法生产的抗菌肽酵母制剂不需要提纯，抑菌活性更强，可以直接在养殖水环境中使用，生产工艺简便，适于大规模生产，成本低。