本发明MEMS扫描2μm激光外差干涉仪光学系统及其装调方法。系统包括2μm光纤激光器、光纤分束器、格林透镜、第一透镜、第二透镜、偏振分束棱镜、λ/4波片、MEMS阵镜、F-Theta透镜、反射镜、光纤接收准直器、光纤合束器、在线式起偏器、光电探测器、示波器、声光移频器、衰减器；调试过程中通过调节偏振分束棱镜、第一透镜、第二透镜以及MEMS阵镜，确定了各器件的位置和姿态，最终使示波器显示的时域曲线和频域曲线分别对应声光移频器的外部驱动信号频率；本发明使解决了大口径MEMS扫描激光外差干涉仪系统不同模式下的激光测试信号耦合效率低的问题，提高了外差干涉仪系统的系统稳定性和探测灵敏度问题。