本发明提供了一种控制用于激光打标的基于FPGA的脉冲光纤激光器功率控制系统和控制方法，所述脉冲光纤激光器功率控制系统包括用于发出控制信号的计算机、基于FPGA实现的功率控制系统和在控制下发出激光的脉冲光纤激光器，所述方法通过进行激光器输出电压和半导体激光器输出功率的输出功率值分配，其中将恒流源驱动的功率与锁存的功率进行比较，将比较结果反馈至恒流源进行驱动。根据本发明的脉冲光纤激光器输出光功率可以很好的满足激光打标的要求，通过采用了双端输入单端输出的模糊控制算法来实时的监测功率的输出大小，并根据反馈的功率值来调节恒流源驱动电路的电流的大小，来保证输出的功率的稳定。