本发明公开了一种穿心莲提取物及其制备方法，该提取物含有质量百分比32.3～40.5%的穿心莲内酯和质量百分比2.23～5.52%的脱水穿心莲内酯。其制备方法，包括以下步骤：穿心莲通过球磨技术粉碎、乙醇提取，得到的提取液经微滤膜过滤、活性炭纤维净化、纳滤膜浓缩、大孔树脂洗脱、喷雾干燥即得。本发明制备的穿心莲提取物极大限度地保留了穿心莲药材的活性成分穿心莲内酯等成分，去除了穿心莲中的色素等杂质成分，保持其强的抗菌消炎活性。本发明的制备方法操作简单、不需加热，生产能耗低，适于工业化批量生产。