本发明提供了一种金鳟与硬头鳟杂交三倍体苗种的制备方法，是将金鳟雌性亲鱼卵子与硬头鳟雄性亲鱼精子体外受精，受精卵受精12-14min后移入浓度为170-190mg/L、温度为12-14℃的6-DMAP的溶液中浸泡处理14-16min后移入6-8℃的水体中孵化。50天左右，受精卵孵化出杂交三倍体仔鱼。孵化期间受精卵发眼率为71%以上，苗种孵化率达到90%以上，得到的仔鱼经流式细胞仪检测，三倍体率达到80%以上。本发明提供的金鳟与硬头鳟杂交三倍体苗种制备方法，缓解了鲑鳟鱼养殖过程中个体出现了性早熟、个体小型化、病害滋生等问题，具有杂交和三倍体优势，具有较好的市场价值。