本发明涉及一种防治鱼类水霉病的药物及其应用，所述的药物选自下列中的任一种或几种的组合：含溴工业杀菌剂、吡啶硫酮盐类、碘代丙炔基化合物、苯酚类衍生物、含有醛基的化合物、防霉剂10,10'-氧代双吩砒、熟地黄、地榆、石榴皮、大青叶、青蒿。本发明的药物对水霉菌株的最小抑菌浓度普遍较低，适用于水产养殖中水霉病的防治。本发明提供的中草药或其组合物防治水霉病具有无污染、无毒副作用的优点，尤其适合于观赏鱼类等经济价值较高的水产动物水霉病的防治；可有效保障食品安全，提高水产品质量。