本发明公开了一种复合变性淀粉的清洁生产方法，将原淀粉加入助剂，采用“酸化-酯化-醚化”方法，先将酸化剂均匀喷入原淀粉中静置预酸化，然后加入催化剂、酯化剂，充分混合均匀用微波辐照反应，再加入碱化剂和经碱性活化剂活化的阳离子醚化剂，充分混合均匀用微波辐照反应，最后加入增效剂，并充分混合均匀得到在淀粉分子结构中接入阴离子和阳离子两种基团的复合变性淀粉。本方法将酸化、酯化、阳离子醚化三种变性采用微波反应，淀粉处于半干状态，有效提高反应速度和反应均匀性，基本无三废排放，能显著降低化学反应产生的废弃物对环境造成的危害。产品具有粘度低、流变性好、粘结强度高的特性，能满足造纸、纺织及胶粘剂等行业应用的需要。