本发明涉及一种牛角瓜杂交育种方法，步骤是：（1）选择母本的纤维主体长度30mm以上；果实外径不小于8cm；单株结果个数多于10个；（2）选择父本的纤维主体长度不低于29mm；果实外径大于10cm；单株结果个数不少于10个；（3）花粉的收集；（4）杂交；（5）杂交种子层积；（6）播种；（7）筛选获得杂种一代F1；用扩增结果分析得到外源基因纯合的植株，在F2进行验证。将以上过程进行选择优势母本父本材料复制多次，取得一代一代F1-F8杂交或回交优良性状杂种实生苗纯合植株，进行种植。本发明方法填补了牛角瓜杂交育种栽培技术的空白，该方法的第一目的是取得牛角瓜种子纤维，作为新型牛角瓜纤维纺织原料（即牛角瓜种子纤维长度大于30mm）；第二目的取得牛角瓜茎杆叶作为新型牛角瓜生物医药、生物能源原料。