本发明公开了一种阻燃和拒水双功能棉织物的制备方法，采用天然植酸和γ-环氧丙氧基三甲氧基硅烷为反应原料，加入有机溶剂中反应得到阻燃整理液，然后加入硅烷偶联剂和正硅酸乙酯，搅拌反应得到具有阻燃和拒水双功能整理液，将棉织物在此整理液中浸渍8~15min后二浸二轧，然后将棉织物在60～90℃的条件下烘燥，再于150～180℃的条件下焙烘。制得阻燃拒水纺织品上无游离甲醛，解决了当前大多数阻燃剂甲醛释放的问题，制得的阻燃剂含有多个反应性基团，解决了棉织物阻燃整理的耐久性问题，将烷基或含氟长链硅烷偶联剂引入阻燃和拒水剂分子中，制得的整理剂具有拒水功能。本发明的技术方案工艺简单、便于操作，具有广阔的应用前景。