本发明公开了一种棉秆皮、芯分离方法，它包括将棉秆去除桃、叶和枝梢，用打捆机打捆、棉秆粗碎、揉松整理、开松整理、开松梳理、去杂筛选、秆芯精选和秆芯分选步骤，经上述步骤将棉秆的桃、叶、枝梢、长纤维和短纤维、细碎纤维、表皮、杂质、短芯和长芯分离，分离后，桃、叶、枝梢、长纤维和短纤维、细碎纤维、表皮、杂质、短芯和长芯各尽其用，棉秆的桃、叶、枝梢添加饲料添加剂制成饲料，表皮、软髓、杂质及细碎纤维制成有机肥，长纤维和短纤维、长芯和短芯采用纸浆生产技术制造纸浆，长纤维和短纤维经脱胶后，用于生产布匹、壁纸、纺织物等，短芯和长芯还可用于制造密度板，短纤维制成植物生长层，用于防风固沙。