本发明公开了一种脂肪酸淀粉酯的制备方法。该方法先将烘干的淀粉原料加入到离子液体1-丁基-3-甲基咪唑氯盐中，在氮气保护下，100～140℃恒温搅，冷却后加入无水乙醇进行洗涤、离心，去除上清液，得到的沉淀物在干燥。然后将烘干的沉淀物加入1-丁基-3-甲基咪唑四氟硼酸盐中，在氮气保护下，加入脂肪酶、脂肪酸，反应1～5h，反应结束，待溶液冷却后加入无水乙醇进行洗涤、离心，去除上清液，得到的沉淀物在35～50℃下干燥40～48h，得脂肪酸淀粉酯。本发明的产品附加值高、无刺激性、易降解，具有良好的热塑性和疏水性等优良性能，可广泛应用于食品、纺织、医药、日用化学品等领域。