本发明公开了一种可完全生物降解脂肪族共聚酯全拉伸丝的制备方法，包括如下步骤：以丁二酸和乙二醇为原料，季戊四醇为改性单体，并加入锑系催化剂，在打浆釜内打成浆料；将上述浆料连续稳定输送至反应釜中进行酯化反应制得酯化物；再将上述制得的酯化物采用泵输送到缩聚工段进行缩聚制得脂肪族共聚酯熔体；将制得的脂肪族共聚酯熔体通过熔体输送设备，经计量、挤出、吹风冷却、多级牵伸热定型、上油、卷绕，制得可完全生物降解脂肪族共聚酯全拉伸丝。本发明具有流程短、成本低、熔体质量稳定、纺丝性能优良，制得的FDY纤维染色性、强伸度等均能满足纺织品的要求。