本发明公开了一种高催化效率碱性淀粉酶突变体及其制备方法和应用，属于遗传工程领域。本发明以嗜碱芽孢杆菌（Bacillus alcalophilus）JN21(CCTCC NO:M2011231)淀粉酶为母本，采用分子生物学技术对嗜碱芽孢杆菌淀粉酶序列进行短肽融合表达。在此改造条件下，嗜碱芽孢杆菌淀粉酶比酶活比对照（突变前）例的比酶活提高4.1倍；催化效率比对照（突变前）例的催化效率提高3.5倍。利用此策略可以大大提高淀粉酶的催化效率，为其在纺织退浆、洗涤剂添加剂等工业生产领域提供了基础。此策略对淀粉酶及其它酶的催化效率提高具有重要的指导意义。