本发明公开了一种三角帆蚌外套膜目的基因的定位方法，是将三角帆蚌外套膜组织进行原位杂交，根据外套膜组织原位杂交的结果对目的基因进行基因定位，所述的外套膜组织原位杂交所用的探针为针对目的基因的探针，所述的目的基因的序列如SEQIDNo.1所示，所述的探针的序列如SEQIDNo.2所示。本发明为三角帆蚌外套膜参与的成壳和育珠研究提供了基因定位的方法，也为进一步研究三角帆蚌生长和育珠过程中各种分子机制提供了一种技术手段。本发明的方法易于操作，节省时间，无需特殊设备，成本较低。本发明对养殖中提高淡水珍珠质量的研究有重要意义。