本发明公开一种含季铵盐基团的卤胺类聚合物抗菌剂及其制备方法和应用。该化合物为式（I）所示结构的化合物；制备方法为：以3-丙烯酰胺基丙基三甲基氯化铵为单体反应原料，以过硫酸钠为引发剂，以水为溶剂进行反应，除去产物溶液中的溶剂，提纯、干燥，得前驱体，经卤化，过滤、烘干，得抗菌剂成品；在纺织品抗菌整理上的应用：将纺织品置于去离子水中浸泡，再置于抗菌剂前驱体溶液中，然后浸泡于同浓度聚合阴离子溶液中，洗涤，烘干后即完成1次组装，重复上述方法，共组装5～20次，卤化后即得抗菌织物。本发明抗菌性能优越，无甲醛释放，安全无毒，将本发明抗菌剂应用于纺织品抗菌整理，所制得抗菌棉织物具有良好的抗菌性能，抗菌效率高。