本发明涉及一种用于生物制备纺织纤维的复合菌群及其应用。所述复合菌群包含保藏号CGMCC No.5971的芽孢杆菌、CGMCC No.5973的鲁氏不动杆菌、CGMCC No.5975的Wickerhamomyces anomalus。所述方法包含步骤：菌液的配置；原料处理；纤维的制备，其包含生物降解，蒸汽杀菌，纤维的获取，干燥、梳理。上述方法不污染环境，废液直接转化成有机肥料，达到零排放，零污染。生物处理过程对纤维能起到保护作用，与传统的化学方法相比，生产成本低，经济效益高。既节省能源又环保。