本发明涉及一种含纤维素纤维纺织品抗菌整理方法，该方法以天然高聚物壳聚糖、海藻酸钠为壁材，中药提取物为芯材，采用微胶囊技术，将中药提取物胶囊化；然后采用后整理方式将微胶囊处理到部分羧甲基化含纤维素纤维纺织品上，通过纤维素纤维上羧基与壳聚糖间的静电引力，以及交联剂的交联作用，赋予抗菌性能良好的耐洗性。本发明所用原料绿色环保、安全高效，所得纺织品对常见金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、枯草杆菌具有很好的抗菌效果。