本发明提供了一种三疣梭子蟹的高效生态育苗方法，选择经过人工选育的亲蟹，采用循环水保持越冬池内的水温，投喂沙蚕、菲律宾蛤仔、鱿鱼等饵料进行亲蟹强化培育，利用单蟹、单池模式进行布池，幼体培育池底部铺设消毒海泥模拟海洋自然生态环境。使用本发明所述方法可以避免病害的垂直传播，减少煤炭的使用，实现节能减排；合理搭配饵料促进胚胎健康发育，减少幼体自残以提高苗种产量、质量。采用本发明方法可使三疣梭子蟹苗种产量提高30-50%，室外养殖成活率提高10-15%，并且可广泛应用于近海海域，具有显著的经济效益。