一种基于光子晶体滤波片的微流控芯片荧光检测系统，包括集成有光子晶体滤波片的发光二极管(LED)激发光源、微流控芯片、光纤、集成有光子晶体滤波片的光电探测器等。其通过在微流控芯片荧光检测系统的LED激发光源和光电探测器的顶部集成光子晶体滤波片，取代分离的激发光滤波片和发射光滤波片，对激发光源中覆盖荧光区域的干扰光进行滤除。本发明实现了滤波片与LED激发光源和光电探测器的集成，进一步提高了检测系统的便携性和集成度。