本发明公开了一种砷化镓基光子晶体发光二级管的制备方法，包括步骤10）清洗烘干砷化镓基发光二级管外延片；步骤20）将外延片倒置；步骤30）电镀键合材料层；步骤40）剥离蓝宝石衬底层；步骤50）氮化硅层顶面旋涂光刻胶层；步骤60）将掩模板图形转换到光刻胶层；步骤70）刻蚀氮化硅层，形成第一目标片；步骤80）在第一目标片上蒸镀金属层，形成第二目标片；步骤90）第二目标片置于氢氟酸溶液中，制成第三目标片；步骤100）第三目标片静置于器皿和溶液中，制成第四目标片；步骤110）第四目标片置于王水中，制成第五目标片；步骤120）制作电极，制成发光二级管。该制备方法提高了发光二极管光子晶体表面平整度和质量。