本发明公开了一种具有透明导电层的发光二极管及其制作方法，其发光二极管，包括：衬底；发光外延层，由从下至上依次为第一限制层、发光层和第二限制层的半导体材料层堆叠而成，形成于衬底之上；电流阻挡层，形成于所述发光外延层的局部区域之上；透明导电结构，形成于所述电流阻挡层之上并延伸至所述发光外延层的表面，划分为出光区和非出光区，其中非出光区与电流阻挡层对应，其厚度大于出光区的厚度，使得该结构与发光外延层形成良好的欧姆接触且减少对光的吸收；P电极，形成于透明导电结构的非出光区之上。该结构可以保证电流扩展性，降低工作电压且减少对光的吸收。