一种发光二极管封装结构的制造方法，包括以下步骤：提供一基板和一载板，将该基板设置在该载板上，该基板上形成有电路层并装设有若干发光二极管芯片；提供一模具及一荧光薄膜，将所述载板放入该模具中，使荧光薄膜密封该模具的一端并直接与发光二极管芯片相对，该载板置于模具的另一端，模具中的空气通过载板与外部环境相通；自载板的外部抽离该模具内的空气，使荧光薄膜贴覆在该发光二极管芯片上；移除模具并固化荧光薄膜；在基板上形成一封装体；切割封装体和基板并去除载板得到多个发光二极管封装结构。