本发明涉及一种轴向主动悬浮的三自由度无轴承交替极永磁电机控制系统。本发明针对轴向主动悬浮的三自由度无轴承交替极永磁电机，提出了由径向悬浮力控制、轴向悬浮力控制和电磁转矩控制三套控制子系统构成的控制方案，可以实现轴向主动悬浮的三自由度无轴承交替极永磁电机的电磁转矩、径向悬浮力、轴向悬浮力的控制。该新型电机及其控制方法可以用于高速和超高速主轴电机、航空航天、生命科学、化工、半导体工业等众多特殊电力传动领域，特别是需要无机械接触、无摩擦与磨损、无需润滑与密封的真空技术、超洁净领域等场合。