本发明公开了一种深海网箱的自动沉降系统，包括对称安装在网箱(2)的框架四周的多套浮筒组件、与每套浮筒组件电连接的控制系统，所述的海上控制系统连接在网箱(2)的框架上且通过无线网络与岸上的总控制系统信号连接，它还包括平衡装置，所述的平衡装置安装在网箱(2)框架的上层支架上，且与海上控制系统电连接。这样，在网箱的下沉与上浮过程中，都通过平衡装置来使网箱始终处于相对水平的状态，从而保证网箱的平稳度，进而能保证鱼类的正常生长，也能提高网箱养殖的产量和质量。