本发明涉及一种监控电子束扫描仪间匹配度的方法，用于监测第一电子束扫描仪与第二电子束扫描仪之间的匹配度，包括如下步骤：在不同枚CMOS晶圆的第一区域分别定义至少一测试单元；在各测试单元上分别形成导电层、介电层以及多个连接孔阻断缺陷；第一、第二电子束扫描仪分别以正负载模式扫描不同枚CMOS晶圆上的测试单元，以检测阻断缺陷；根据对阻断缺陷的检测结果计算第一电子束扫描仪与第二电子束扫描仪之间的匹配度；更换CMOS晶圆，重复进行上述步骤。该方法使得电子束扫描仪间的匹配度更贴近真实情况，其实施简单便利、有利于在半导体行业领域内推广。