本发明公开了一种用于制造半导体器件的方法。一种示例性方法包括通过第一曝光在第一层中形成第一结构，以及确定第一结构的布置信息。所述方法进一步包括通过第二曝光在位于第一层上方的第二层中形成第二结构，以及确定第二结构的布置信息。所述方法进一步包括通过第三曝光在位于第二层上方的第三层中形成包括第一和第二子结构的第三结构。形成第三结构包括独立地将第一子结构与第一结构对准以及独立地将第二子结构与第二结构对准。本发明还公开了多层图案化覆盖拆分方法。