本发明涉及半导体制造领域，具体涉及一种三维芯片结构的金属键合的方法。包括对顶部芯片铜进行化学机械平坦化处理；在化学机械平坦化后的表面淀积一层氮化硅层；刻蚀附着在顶部芯片铜上的氮化硅层形成凹槽，凹槽底部为顶部芯片铜；对底部芯片铜进行化学机械平坦化处理；对底部二氧化硅层进行刻蚀使铜突出；底部二氧化硅层刻蚀完成后进行表面进行活化处理；将顶部芯片与底部芯片的铜对准并键合；将键合后的芯片进行退火处理。本发明使用氧化硅与氮化硅来配合金属与金属键合使键合质量更高，且氮化硅层薄膜还能阻止金属扩散至周围材料中，能达到简化工艺流程，降低键合所需温度，提高键合可靠性，提高键合效率，减低键合成本的目的。