本发明公开了一种噬菌蛭弧菌微胶囊，所述微胶囊的壁为明胶，颗粒呈球形，表面有凹陷，但没有孔和裂纹，所述颗粒粒径大小为3～12μm，分布基本均匀，且其中，噬菌蛭弧菌的含量为3.69×10⁷pfu/g～3.70×10⁷pfu/g，大肠杆菌DH5α的含量为8.6×10⁹cfu/g～2.10×10¹⁰cfu/g。本发明还提供了该微胶囊的制备方法，其包括步骤：1)大肠杆菌DH5α菌悬液的制备；2)噬菌蛭弧菌培养液的制备；和3)将步骤1)的大肠杆菌DH5α菌悬液和步骤2)的噬菌蛭弧菌培养液与无菌明胶溶液均匀混合后，进行喷雾干燥，最终制备成微胶囊。该微胶囊明显增加水产养殖业中的抗感染效果。