本发明提供一种高深宽比硅结构的侧壁平滑方法，先在硅衬底表面形成氧化硅掩膜，然后根据氧化硅掩膜于硅衬底中制作高深宽比硅结构，接着采用感应耦合等离子体增强化学气相沉积法或喷涂法于所述高深宽比硅结构侧壁形成含氟聚合物，最后去除氧化硅掩膜完成制备。本发明具有以下有益效果：1）本发明工艺简单，可控性强，且与现有半导体工艺完全兼容；2）本发明可实现对原结构完美薄膜包覆，快速提高侧壁的平滑度，且不影响高深宽比硅结构；3）特别适用于传感器件，模具或微流体沟道的应用场合，当高深宽比硅结构用作模具时，疏水性聚合物薄膜的沉积更利于脱模。