本发明的利用P型源结构测算接触孔与多晶硅栅极对准偏差值的方法，包括：在半导体衬底上建立测试模块矩阵；对测试模块矩阵中的各个测试模块区域进行离子注入，使各个测试模块的结构均形成PMOS/N型阱区结构；经光刻和刻蚀工艺，在各个测试模块上形成接触孔；平坦化接触孔后，采用电子束缺陷扫描仪在负负载条件下对接触孔进行缺陷检测，得到漏电影像特征图；根据漏电影像特征图测算栅极间的接触孔与多晶硅栅极的对准偏差值。本发明的方法不仅可以统计到接触孔和多晶硅栅极的对准偏差的缺陷分布图和严重程度，还可以为在线监控提供理论基础，为半导体器件的在线制造与良率提升提供保障。