本发明提供电子内窥镜系统、光源装置、及电子内窥镜系统的控制方法。其中，在光源装置(13)上不仅设有用于得到通常观察图像的白色光源(30)、而且设有发出蓝色区域的第一及第二窄带域光的半导体光源单元(31)。第一窄带域光和第二窄带域光是包含氧饱和度和血管深度的血管信息取得用的光。在血管信息取得时，为了将与第一窄带域光和第二窄带域光相对应的摄像信号标准化而需要表示明亮度的水平的参照信号。作为用于得到参照信号的参照光，利用白色光源(30)发出的白色光。通过半导体光源的窄带域光维持测定精度，同时，通过利用已有的光源装置的构成即白色光源(30)来抑制成本增加。